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Der technische Untersuchungsablauf ist identisch zur Magenspiegelung. Mit Hilfe der Endosonographie lassen sich durch einen an der Gerätsspitze befindlichen Ultraschallkopfs das umgebende Gewebe sonographisch im Bereich der Speiseröhre oder des Magens untersucht. Etabliert ist diese Methode v.a. bei Tumoren des oberen Magen – Darm – Traktes (also Speiseröhre, Magen aber auch Bauchspeicheldrüse). Indikationen bestehen auch zur Klärung eines Galleabflusshindernisses (Steine, Tumor o. Entzündung). Die Untersuchung wird in einer Schlafbetäubung durchgeführt, weil sie länger als eine Magenspiegelung dauern kann.

Eine ganz ähnliche Untersuchung gibt es auch für den unteren Darm (Enddarmbereich), hier zur Klärung der Ausdehnung von Tumore in die Tiefe u. das umgebende Gewebe.

Vorteile der Methode: Im Vergleich zur Ultraschalluntersuchung von außen erreicht man hiermit auch sonst unzugängliche Regionen u. kann diese idR deutlich höher auflösend untersuchen. Auch im Vergleich mit radiologischen Untersuchungsmethoden (CT o. MRT) ist die Ortsauflösung mit der Endosonographie häufig noch besser. Einschränkungen der Sonographie wie z.B. Adipositas entfallen hier.

Nachteile der Methode: Die Untersuchung ist wie die Magenspiegelung entsprechend eingreifend u. wird - auch wg. der deutlich längeren Untersuchungszeiten - in Schlafbetäubung durchgeführt, der Patient muss also nüchtern sein. Im Übrigen gelten die gleichen Einschränkungen wie für die Sonographie an sich: Luft o. Knochen ist nicht durchschallbar u. im Falle einer (z.B. tumorbedingten) Engstelle kann manchmal das Endoskop nicht weit genug vorgeschoben werden.